これまで、あまり気にしていなかったが、他の人に迷惑かなと思って、ターミナルのビープ音を消してみた。/etc/inputrcのset bell-style noneの部分のコメントアウトしてあるのを、#を消して有効にすれば終わりです。
他のアプリケーションに関しては、どうするのかな。